国税庁から、電子帳簿保存法に関する「お問い合わせの多いご質問」に質問を追加したとのお知らせがありました（令和6年1月22日公表）。追加問答集が公表されましたが、これは、「電子帳簿保存法一問一答【電子計算機を使用して作成する帳簿書類関係】、【スキャナ保存関係】、【電子取引関係】（令和５年６月版）」の公表後、質問の多かった事項について、追加問として整理し、集約したものです。その内容は、令和６年１月１日以後に適用されるものとなっています。

たとえば、次のような質問と回答が追加されています。

問　わが社では、電子取引の取引情報に係る電磁的記録（電子データ）と書類（紙）が取引において混在しています。電子データ自体の保存は電子帳簿保存法上の保存要件に沿って適切に対応していますが、電子メール等一定の電子データについては、経理事務の便宜のため、書面に印刷してその他の書類と一緒にファイルに綴り整理しています。このような保存方法を採用して問題ないですか。

答　ご質問のように、電子取引の取引情報に係る電磁的記録を削除せず、電子帳簿保存法の保存要件に沿って保存した上で、当該電磁的記録を書面に出力し、その他の書類と一緒に整理することは何ら問題ありません。

（電磁的記録を削除せず･･･というのがポイントですね）
詳しくは、こちらをご覧ください。

＜お問合せの多いご質問（随時更新）【令和6年1月最終更新】＞
https://www.nta.go.jp/law/joho-zeikaishaku/sonota/jirei/pdf/0023011-017.pdf

〔確認〕上記のURLが掲載された「電子帳簿保存法一問一答（Q&A）」のページはこちらです。
https://www.nta.go.jp/law/joho-zeikaishaku/sonota/jirei/4-3.htm#a0023011-017